Stedelijk Museum Alkmaar bestaat uit een directie en de afdelingen Publiekszaken, Museale Zaken en Financiën & Bedrijfsvoering. De medewerkers die werkzaam zijn in het museumcafé, de museumwinkel en/of als gastvrouw/gastheer doen dat op vrijwillige basis en maken de organisatie compleet. Het museum heeft 24 vaste medewerkers en circa 60 vrijwilligers. Stedelijk Museum Alkmaar is een zelfstandige stichting met een Raad van Toezicht.